Evangelion:3.0+1.01 THRICE UPON a TIME ในภารกิจเพื่อความอยู่รอดของมนุษยชาติ มิซาโตะและกลุ่มต่อต้าน NERV ที่ชื่อ WILLE ได้นำเรือธง Wunder มาถึงปารีส เมืองที่เปลี่ยนไปเป็นสีแดงจากการถูกแกนพลังงานกัดกิน ทีมปฏิบัติการจากเรือธงได้ลงจอดที่หอคอยควบคุมในความพยายามที่จะฟื้นฟูสถานการณ์