Snake Eyes: G.I. Joe Origins หลังจากที่สเนคอายส์ได้เสี่ยงชีวิตช่วยเหลือทายาทที่สำคัญของตระกูลอาราชิกาเงะ เขาก็ได้รับการต้อนรับเข้าสู่ตระกูลโบราณที่เต็มไปด้วยนักรบเงาของญี่ปุ่น ที่นั่นเขาได้เรียนรู้ศิลปะการต่อสู้นินจาที่ลึกล้ำ แต่เมื่อความลับที่เก็บไว้ในอดีตของเขาถูกเปิดเผย เขาต้องเผชิญกับการทดสอบทั้งทางศักดิ์ศรีและความภักดีที่ท้าทาย เขาจะยังคงรักษาความเชื่อมั่นที่มีต่อกันได้หรือไม่ หรืออาจต้องสูญเสียความเชื่อใจจากคนใกล้ตัว